Quanto sotto esposto racconta dello sviluppo e collocazione delle raccolte prima e dopo il trasferimento nella sede di Via Balbi 40 (ex Hotel Colombia). Nella nuova sede segnature dei volumi e loro storia non cambiano, anche se la collocazione fisica non è, ovviamente, più la medesima.

Maggiore istituto bibliografico della Liguria, titolare del deposito legale della produzione editoriale della Regione Liguria, la Biblioteca possiede circa 600.000 unità tra volumi, opuscoli, manoscritti, incunaboli, cinquecentine, autografi, periodici. Le sale storiche della biblioteca sono 34. Le prime tre raccolgono la maggior parte del patrimonio librario a stampa proveniente dal Collegio e dalla Casa Professa dei Gesuiti genovesi e delle Congregazioni religiose soppresse nel'700 e nell'800. A parte la "Terza sala", che occupava il locale originario della Biblioteca gesuitica, la "Prima sala", il Vestibolo e le sale 33 e 34 sono state dislocate per molti anni in un magazzino esterno alla biblioteca e solo oggi sono finalmente riunite a buona parte del patrimonio gesuitico nella nuova sede. Le altre sale che nella sede di via Balbi 3 erano collocate nel magazzino librario che occupava la navata centrale e una cappella destra della chiesa dell'ex chiesa dei SS. Gerolamo e Francesco Saverio, sono in parte attualmente collocate nel nuovo magazzino di via Balbi 40 e in parte in procinto di trasloco verso la nuova sede. Nella cappella sinistra dell'ex chiesa fu costruita, nel 1935, la "Sala rari e manoscritti".

Ancora oggi la denominazione "Sala Rari e manoscritti", insieme a quella di "Atrio rari", designa il materiale più prezioso conservato dall'istituto. Le altre sale, sino alla nona compresa, hanno carattere eterogeneo. Le sale dalla undicesima alla trentaduesima, costituite dopo la seconda guerra mondiale, corrispondono ciascuna ad una materia o a più materie affini. Le sale 33 e 34, di recente istituzione, raccolgono in prevalenza opere dei secoli XVI - XVIII solo in parte catalogate. Un certo interesse hanno anche le sale cosiddette "Ligure" e "Corsica": la prima, iniziata nel 1865 dall'allora direttore Emanuele Celesia per raccogliere testi stampati in Liguria o di autori liguri, comprende circa 6.000 volumi; la sala Corsica é costituita da circa 180 volumi e opuscoli relativi alla Corsica.

La biblioteca possiede, inoltre, un certo numero di fondi bibliografici pervenuti intorno agli anni '20 - '30 del Novecento: la Biblioteca Manuel Belgrano (donazione della Repubblica Argentina, comprende 1.500 volumi relativi alla storia del territorio argentino), la Geografica degli Stati Americani (costituita per disposizione governativa nel 1931, comprende ca. 1.200 volumi); la Biblioteca del Presidio Militare (cessione permanente del 1934, costituita da testi riguardanti le discipline belliche e interessata ad un progetto di digitalizzazione); il Fondo Laura (costituito da 13.000 volumi ed opuscoli di carattere prevalentemente filosofico e religioso, sociologico e letterario); il Fondo Rossello (lascito degli anni '30, comprende ca. 1.500 volumi soprattutto di materie giuridiche); il Fondo Gropallo (ca. 1.750 volumi in gran parte di testi letterari).
Durante la prima metà del '900 molte sono state le donazioni e i lasciti sia di materiale librario a stampa sia di materiale manoscritto. Fra questi si ricordano la preziosa donazione Gerolamo Gaslini del 1942 (60 manoscritti di periodo umanistico e 120 incunaboli), il Fondo Umberto Fracchia pervenuto nel 1982 (comprende opere manoscritte e a stampa di carattere letterario) e il Fondo Luigi Pelloux che, giunto nello stesso anno, contiene opere di argomento prevalentemente storico e militare.

Anche la politica degli acquisti ha incrementato negli anni le raccolte: nel 1954 si acquistò dal Ministero della Pubblica Istruzione una raccolta appartenente alla famiglia De Gaudenzi,che contiene soprattutto edizioni dannunziane e di critica dannunziana, e alla fine degli anni '90 del Novecento risale l'acquisto del Fondo Rodocanachi di grandissimo interesse per la storia letteraria del '900.
Nel Settore Conservazione della biblioteca, che custodisce i cimeli più rari e tutto il fondo dei manoscritti, oltre a preziosi codici e corali liturgici, sono particolarmente interessanti la grande raccolta di Autografi (circa 14.000 pezzi nei quali é in parte confluita la posta dei vari direttori della biblioteca che avevano contatti con molti personaggi del mondo intellettuale e politico) e il Fondo Nino Bixio, conosciuto come "Autografi del Risorgimento" (comprende quattordici cassette di corrispondenza e appunti). Per approfondimenti sui singoli fondi si consiglia la sezione: Fondi antichi e speciali.

 

Recentemente sono stati acquisiti: il Fondo Domenico Monleone, compositore genovese che fu anche direttore  del teatro Carlo Felice di Genovai; il Fondo Tito Rosina, 1400 lettere autografe inedite relative a circa 300 corrispondenti tra i quali Eugenio Montale, Camillo Sbarbaro, Carlo Emilio Gadda, ecc.; il Carteggio di Marcello Staglieno.

Tra i fondi bibliografici moderni più prestigiosi vanno ricordati la Biblioteca di Salvator Rotta (La Maddalena 1926 - Genova 2001), professore ordinario di Storia dell’età dell’illuminismo e poi di Storia moderna presso l'Università degli Studi di Genova,  e quella, concessa in comodato d'uso dal Comune di Genova, del poeta e scrittore Edoardo Sanguineti (Genova 1930 - 2010).

Un po' di storia per immagini può essere acquisita con il video Dal Collegio dei Gesuiti all'Hotel Colombia