Dichiarata nel 1801 Pubblica Biblioteca Nazionale, il governo sancì la titolarità della biblioteca a ricevere il deposito obbligatorio dagli stampatori della Liguria.

Nel 1815, con il passaggio dei territori liguri sotto i Savoia, come "biblioteca della regia Università di Genova" essa riprese il suo stretto legame con l'università, peraltro mai perso.

Nel 1866, con l'ultima ondata di soppressioni di congregazioni religiose, la biblioteca si arricchì ulteriormente delle librerie conventuali, fatto che giustifica la presenza tra le sue attuali raccolte di un corposo nucleo librario di materie religiose e teologiche.

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