Le origini della Biblioteca Universitaria di Genova vanno ricercate nella Libreria del Collegio dei Gesuiti .

Le notizie più antiche sull'esistenza di una libreria annessa alle scuole fondate dai Gesuiti genovesi risalgono al 1604. Trovata nel 1623 una sede definitiva nell'area del convento di san Gerolamo del Roso (venduta ai padri ignaziani dalla famiglia Balbi) l'imponente costruzione del Collegio risulta terminata in ogni sua parte nel 1664. Le scuole si erano già stabilite nelle parti via via agibili del palazzo tra il 1636 e il 1642.

Come in tutti i collegi gesuiti, anche in quello genovese si trovavano almeno due biblioteche, quella "domestica", di uso scolastico, e la "Libreria" vera e propria ospitata nella cosiddetta "Terza Sala", che conserva ancora oggi la parte monumentale con gli scaffali impiallicciati in legno di radica, risalente nell'impostazione alla metà del '600. Nel corso del '700 la Libreria fu sottoposta a diverse ristrutturazioni: verso metà secolo il decoro ligneo venne rinnovato nello stile del barocchetto genovese e nel 1777 la scaffalatura fu alzata sino al soffitto, costruendo il ballatoio, la ringhiera in ferro e legno che corre lungo tutta la sala e la "piccola scala a lumaca" che accede al piano superiore.

Con lo scioglimento, nel 1773, della Compagnia di Gesù, il Collegio fu ribattezzato Università Pubblica e passò sotto il controllo diretto della Repubblica di Genova. Così la biblioteca gesuitica si trasformò nella "Libreria della Pubblica Università di strada Balbi" dove furono fatte confluire le biblioteche dei conventi e delle corporazioni religiose via via soppresse. Nel 1778 l'erudito Gaspare Luigi Oderico fu nominato bibliotecario con l'incarico di catalogare i libri dell'ex Collegio. Completati nel 1787 e, non conservandosi gli inventari precedenti, i volumi manoscritti redatti da Oderico costituiscono il catalogo più antico delle raccolte librarie della biblioteca. 

Durante la repubblica democratica ligure, tra il 1797 e il 1799, essa conobbe un ulteriore accrescimento poiché nella biblioteca furono nuovamente dirottati i volumi delle librerie dei numerosi ordini religiosi genovesi e liguri soppressi nel periodo "giacobino", nonché manoscritti e volumi provenienti dalla libreria ventimigliese del dotto frate agostiniano Angelico Aprosio (1607-1681).

Agli anni '30 dell'Ottocento risale l'allungamento dell'antica libreria gesuitica, portata dagli originali 15 agli attuali 24 metri di lunghezza, per ospitare l'accresciuto patrimonio di volumi.

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