Il  ruolo svolto dai gesuiti nel conflitto tra la Chiesa e Galileo ha proiettato sulla loro attività scientifica un’ombra che,  ancora oggi a quasi quattro secoli di distanza, non si è ancora dissipata. Il giudizio resta fissato sulla figura ridicolizzata dell’aristotelico Simplicio e sull’ingiusta condanna di Galileo da parte del Sant’Uffizio (1633), dimenticando però altri aspetti del conflitto non poco significativi per inquadrare adeguatamente i tratti distintivi delle parti in causa. É indubbia la correttezza della posizione di Galileo nel sostenere l’autonomia della scienza dalla teologia, ma si deve altresì considerare l’impossibilità da parte della Chiesa di sorvolare su  ipotesi scientifiche, quali quelle proposte da Galileo,  gravide di tali implicazioni teologiche da rischiare di assumere rilevanza e di provocare turbativa proprio in ambito extra-scientifico. Tanto più,  e questa fu una componente non poco importante nella chiamata in giudizio dello scienziato,  se queste ipotesi non vengono formulate nella più selettiva lingua degli studiosi, il latino, bensì in volgare. Bisogna anche ricordare che le frizioni tra Galileo e gesuiti, culminate con la sua abiura coatta e la condanna al carcere perpetuo, hanno i loro prodromi nella disputa tra il gesuita Orazio Grassi e Galileo sulla natura delle tre comete apparse nel 1618 (il primo scrisse la Disputatio astronautica, confutata dal Discorso sulle comete del 1619, al quale il Grassi, sotto lo pseudonimo di Lotario Sarsi, controbatté con la Libra astronomica ac philosophica,  polemicamente attaccata da Galileo con il Saggiatore nel quale con bilancia squisita e giusta si ponderano le cose contenute nella Libra) . Se, da un  lato, si deve proprio a questa disputa la creazione di un capolavoro della letteratura quale il Saggiatore, dall’altro lato è accertato che l’ipotesi galileiana era sbagliata e che più vicino al vero era il Grassi. Non stupisce perciò se la convinzione di essere nel giusto, la derisione subita e, soprattutto, la percezione di trovarsi di fronte a un antagonista dalle idee pericolose da un punto di vista dottrinale,  portarono i gesuiti ad assumere un atteggiamento di chiusura nei confronti dello scienziato pisano,  sebbene uno dei loro maggiori esponenti, il cardinale Roberto Bellarmino (1542-1621),  continuò ad avere nei suoi confronti sentimenti di stima e simpatia  (precedentemente Galileo era stato in rapporti di amicizia con il grande matematico tedesco Christoph Clavius (1538-1612)  sebbene costui avesse condannato, sia dal  punto di vista scientifico che da quello scritturale,  la teoria eliocentrica di Copernico). A prescindere, ora, dalla questione galileiana, ma sempre tenendo presente che l’attività scientifica dei gesuiti non poteva non essere funzionale al discorso dottrinale,  è doveroso ammettere che non pochi di  loro si collocano su posizioni più avanzate dei loro contemporanei [per esempio per quello che riguarda il rifiuto dell’astrologia e della magia da parte dei pp. Martin Antoinem Del Rio (1551-1608) ed  Eusebio Nieremberg (1595-1658)]  e alcuni  si possono a tutti gli effetti annoverare tra i più  famosi scienziati della loro epoca, quali,  per limitarsi ai primi due secoli,  il già citato Christoph Clavius, matematico e astronomo;  il  Collegio gesuitico di Coimbra (Portogallo)  al quale si deve il  ponderoso commentario alle opere scientifiche di Aristotele (conosciuto come Cursus Conimbricensis);  l’astronomo Christoph Scheiner (1575-1650)  il quale,  pur confutando il sistema copernicano,  riconosce i  meriti di Galileo ;  il poligrafo tedesco  il poligrafo tedesco Athanasius Kircher (1602-1680)  che ipotizzò, tra l’altro,  la natura organica (contagium animatum) del contagio della peste bubbonica; Gaspar Schott (1608-1666); Francesco Lana Terzi (1631-1687); Francesco Maria Grimaldi, autore di uno dei trattati di ottica più importanti prima di Newton; Ruggiero Giuseppe Boscovich, studioso di ottica,  matematica, astronomia e ingegneria,  al quale si deve anche un’opera di allegerimento dell’ostilità della Chiesa verso il sistema copernicano e di divulgazione delle teorie newtoniane.