La proibizione di occuparsi di questione politiche “avvalendosi dell’appoggio delle autorità secolari”  ratificata dalla Quinta Congregazione (3 novembre 1593 – 18 gennaio 1594) escludeva che, in un futuro, si potessero ricreare rapporti privilegiati come quelli che erano intercorsi tra Acosta e Filippo II o, su di un piano meno elevato, tra padre Gagliardi e il governatore di Milano. La storia tuttavia dimostrerà che i fatti non sempre si conformeranno alle intenzioni.

La Quinta Congregazione viene ricordata, inoltre, per un’altra importante decisione: l’esclusione dei cristianos nuevos dalla vita gesuitica, esclusione che colpiva anche chi, pur all’interno dell’Ordine, ancora non aveva fatto il voto di professione. Questa ratifica, che portava a termine tutta una serie di discussioni e di contese che risalivano alla fondazione dell’Ordine stesso,  era di non poco peso se si pensa alle importanti figure di gesuiti che, manifestamente o no, erano  o erano state di origine ebraica.