L’unione era voluta da Carlo Quinto, fratello della regina di Portogallo, vedova di João III. L’intento del re di Spagna era quello di porre il Portogallo sotto l’autorità spagnola, affidando la corona a suo nipote nel caso che l’erede al trono di Portogallo (Sebastião, che all’epoca delle trattative era un bambino di tre anni) fosse morto privo di eredi. A fare opera di persuasione presso la regina Ignazio incaricò Francisco Borja, già duca di Gandia e futuro generale dell’Ordine.